С июня по август 1941 года 6 подводных лодок приняли участие в боевых действиях на Балтике: U-56, U-139, U-140, U-142, U-144 и U-149.
Флотилия была сформирована в январе 1941 года. Летом 1941 шесть ее ПЛ добились определенных успехов на Балтике, потопив 3 советские подводные лодки: М-78, М-94 и М-101. В августе 1941 года одна из лодок флотилии U-144 была потоплена советской ПЛ Щ-307. В начале 1945 года флотилия была перебазирована в Вильхелмсхафен, в мае 1945 года, сразу после капитуляции была расформирована.